プロジェクトのソース・フォルダーへ設定ファイルを配置する方法が最も簡単です。
プロジェクトのソース・フォルダーに Java ソースファイルが置かれた場合、Eclipse は自動ビルドを実行し、ビルド結果（クラスファイル）をクラス・フォルダーにコピーします。
ソース・フォルダーに Java ソースファイル以外が置かれた場合はそのファイルそのものがクラス・フォルダーにコピーされます。ソース・フォルダーに置かれたファイルが変更されるたびに、クラス・フォルダーへのコピーが行われるので、log4j.xml や log4j.properties ファイルに行った修正が次の実行時に反映されます。
面倒な設定が不要で、単にソース・フォルダーへ設定ファイルを配置すれば良いだけなのでお手軽です。